Neuliteは生物物理学的ニューロンモデルならびにそのネットワークモデルの軽量なシミュレータです。Allen Cell-Types Databaseに登録されているニューロンモデルのシミュレーションに特化しており、Brain Modeling ToolKit (BMTK) で記述されたモデルをごく少量の書き換えで動作させることができます。フロントエンド (Bionet_liteモジュール) とバックエンド (Neuliteカーネル) を明確に分離することでカーネルの可搬性を高め、ラズパイからスパコン「富岳」まで様々なアーキテクチャで動作させることができます。特に「富岳」向けの最適化が施されており、Scalable Vector Extensions (SVE) を用いたSIMD計算を全面的に利用しています。
Neuliteは、Allen V1 modelを「富岳」で動作させるために開発されました。完全なシミュレータになる予定はなく、NEURONやArborと競合しません。むしろ単純であることを指向しています。この点において、Neuliteの開発は、UNIX哲学に深く影響を受けています。Biophysical neuron simulator for the rest of us を目指します。
メンバー
主要開発者
秋良花綾, 栗山凜, 井浦茉莉, 山﨑匡
アドバイザー
小林泰良, 五十嵐潤
研究成果
- 秋良 花綾, 井浦 茉莉, 栗山 凜, 小林 泰良, 五十嵐 潤, 山﨑 匡. 標準化されたモデル化インタフェースを持つ「富岳」向け軽量生物物理学的ニューロンシ ミュレータの開発. 第 34 回 日本神経回路学会 全国大会 (JNNS2024), 2024年9月11-12日, 北海道大学.
- 栗山 凜, 秋良 花綾, 山﨑 匡. スーパーコンピュータ「富岳」における Neulite シミュレータの並列実装. 第 34 回 日本神経回路学会 全国大会 (JNNS2024),2024年9月11-12日, 北海道大学.
- 井浦 茉莉, 秋良 花綾, 山﨑 匡. Neulite シミュレータへの Brain Modeling ToolKit の統合. 第 34 回 日本神経回路学会 全国大会 (JNNS2024), 2024年9月11-12日, 北海道大学.
- Kaaya Akira-Tamura, Rin Kuriyama, Mari Iura, Taira Kobayashi, Jun Igarashi, Tadashi Yamazaki. Development of a lightweight and customizable biophysical neuron simulator. Annual Meeting of Society for Neuroscience (Neuroscience2024) , October 5-9, 2024, Chicago, USA.