VMWare Fusion Pro 上の Ubuntu に Brain Modeling Toolkit(BMTK) をインストールする

作成者: 井浦 茉莉 (M1), 山﨑研

VMWare Fusion Pro 上の Ubuntu に Brain Modeling Toolkitをインストールしたときの手順です。

環境

VMWare Fusion 13 Pro

バージョン

$ lsb_release -a
Distributor ID:    Ubuntu
Description:    Ubuntu 24.04 LTS
Release:    24.04
Codename:    noble

$ python3 -V
Python 3.12.3

インストール

必要と思われるパッケージをインストールする。

$ sudo apt install -y make build-essential zlib1g-dev git libssl-dev pkg-config libx11-dev bison flex automake libtool libxext-dev libncurses-dev xfonts-100dpi libopenmpi-dev libffi-dev libhdf5-dev python3-pip cython3 python3-dev python3-scipy neuron neuron-dev python3.12-venv

Python の仮想環境を作る。

$ python3 -m venv ~/bmtk_env

Python の仮想環境を有効化する。

$ source ~/bmtk_env/bin/activate

必要なパッケージをインストールする。

(bmtk_env)$ pip3 install --upgrade pip setuptools wheel cython pkgconfig
(bmtk_env)$ pip3 install neuron numpy==1.26.4 h5py

BMTK をインストールする。

(bmtk_env)$ git clone https://github.com/AllenInstitute/bmtk.git 
(bmtk_env)$ cd bmtk
(bmtk_env)$ python3 setup.py install

BMTK の詳細確認

$ pip3 show bmtk
Name: bmtk
Version: 1.1.0
Summary: Brain Modeling Toolkit
Home-page: https://github.com/AllenInstitute/bmtk
Author: Kael Dai
Author-email: kaeld@alleninstitute.org
License: 
Location: /home/hogehoge/bmtk_env/lib/python3.12/site-packages/bmtk-1.1.0-py3.12.egg
Requires: h5py, jsonschema, matplotlib, numpy, pandas, pynrrd, scikit-image, scipy, six, sympy
Required-by: 

Python の仮想環境の無効化

Python の仮想環境を無効化する。

(bmtk_env)$ deactivate

Python の仮想環境を再度有効化する。

$ source ~/bmtk_env/bin/activate